El esqueleto interno y la mayor velocidad de trasmisión conseguida gracias a la vaina de mielina pasibilitaron el incremento del tamaño del SNC de los vertebrados. Éste se sitúa dorsalmente, presenta simetría bilateral, es segmentado y ya desde los vertebrados filogenéticamente más antiguos presenta una clara polarización rostrocaudal, organizándose en tres vesículas: el encéfalo anterior, el encéfalo medio y entre éste y la médula espinal, el encéfalo posterior.
La médula y el tronco del encéfalo son bastante constante en todos los vertebrados presentando rasgos comunes, como la decusación de algunos tractos motores y especializaciones específicas de cada especie. En el encéfalo medio, el techo óptico de peces y anfibios es un importante centro de iniciación del comportamiento, aunque a partir de los reptiles, su importancia va cediendo terreno a los hemisferios cerebrales.
El desarrollo del cerebelo a lo largo de la filogenia guarda una estrecha relación con las actividades motoras que van desplegando los animales y con el desarrollo de la musculatura corporal, así como con la aparición de las extremidades y de otras estructuras filogenéticamente recientes, como es la corteza cerebral. Sin embargo, el desarrollo del cerebelo no es lineal a lo largo de la evolución.
En el encéfalo anterior, el hipotálamo es la parte más desarrollada del diencéfalo en peces y anfibios. Entre los procesos que regula destacan la termorregulación, que sólo se da en aves y mamíferos. En el extremo dorsal del diencéfalo se encuentra el epitálamo conectado en peces, anfibios y reptiles con el ojo pineal, mientras que en aves y mamíferos se transforma en la glándula pineal.
El tálamo es la zona del diencéfalo que más cambios presenta yendo del relativamente pequeño en la mayoría de preces y anfibios, al de reptiles, aves y mamíferos, que es grande y presenta numerosas agrupaciones neuronales con importantes funciones de coordinación sensorial y motora.
La función filogenéticamente más antigua de los hemisferios cerebrales es el procesamiento de la información olfativa y el control del comportamiento depredador y reproductor. Gradualmente la información ascendente, principalmente del tálamo, va adquiriendo más relevancia y provoca la gran expansión de los hemisferios cerebrales de aves y mamíferos. Los ganglios basales se van adecuando anatómica y funcionalmente al control de los nuevos repertorios conductuales que van apareciendo a lo largo de la filogenia de los vertebrados. Por su parte, la amígdala mantiene bastante constante buena parte de sus funciones relacionadas con el miedo y otras emociones.
La neocorteza es el carácter diferencial del sistema nervioso de los mamíferos. Su antecedente puede que sea el telencéfalo dorsolateral de anfibios. Mientras los reptiles poseen una corteza cerebral de tres capas, la neocorteza de los mamíferos es de seis capas con importantes especializaciones funcionales y morfológicas. El tamaño de la neocorteza es muy limitado en los mamíferos filogenéticamente antiguos, pero en primates y cetáceos, su desarrollo es tal que cubre casi completamente al resto de estructuras encefálicas. El tamaño de las áreas sensoriales y motoras es muy variado y está estrechamente relacionado con el nicho ecológico que ocupa cada especie. La función principal de las áreas corticales de asociación es integrar la información recibida por las distintas regiones corticales y subcorticales. Es en estas áreas donde se da el mayor incremento de tamaño en primates y es la causa del gran desarrollo de sus encéfalos.