Las enfermedades infecciosas pueden dañar el cerebro. La encefalitis, habitualmente causada por un virus, afecta a todo el cerebro. Un tipo se debe al virus del herpes simple, que infecta los ganglios del nervio trigémino de la mayoría de la población. Este virus tiende a atacar los lóbulos frontal y temporal.
El virus de la polio ataca a las neuronas motoras del cerebro y la médula espinal, provocando alteraciones motoras o incluso parálisis.
El virus de la rabia, que se contrae por la mordedura de un animal, viaja a través de los nervios periféricos y ataca al cerebro, particularmente al cerebelo y el hipocampo. La infección del sida también produce daño cerebral cuando la cubierta de la proteína gp120 del virus VIH se une con otras proteínas que desencadenan la apoptosis.
La meningitis es una infección de las meninges causada por virus o por bacterias. El tipo bacteriano, que suele ser el más grave, por lo general se debe a una infección del oído, un traumatismo craneoencefálico o un émbolo procedente de una infección del corazón.