El nivel superior de la jerarquía motora está constituido por diversas áreas de la corteza cerebral: las áreas de asociación, que son la corteza parietal posterior y prefrontal dorsolateral, así como por las áreas motoras que comprenden la corteza motora secundaria o áreas premotoras y el área motora primaria.
La corteza de asociación parietal posterior aporta a la corteza de asociación prefrontal dorsolateral y a las áreas motoras de la corteza las claves sensoriales necesarias para la realización de los movimientos dirigidos a un blanco y las señales motivacionales que subyacen a los actos motores.
En la corteza prefrontal dorsolateral se seleccionan las estrategias más adecuadas para la puesta en marcha del movimiento, en función de la situación actual y de las experiencias previas del sujeto, y se toma la decisión de iniciar los movimientos. Esta información es transmitida a las áreas motoras de la corteza cerebral, componente esencial y exclusivo de los sistemas motores, principalmente a las áreas premotoras, constituidas por la corteza premotora y el área motora suplementaria, que se encuentran conectadas entre sí y que, a su vez, envían un flujo masivo de señales al área motora primaria.
Las tres áreas motoras tienen una organización somatotópica, es decir, una representación (aunque desproporcionada) de las distintas partes del cuerpo. Estas zonas de representación excepto las de las partes distales de las extremidades, se conectan mediante el cuerpo calloso con las zonas homólogas del hemisferio contralateral. Aunque parece que, al igual que otras áreas corticales, la corteza motora está organizada en columnas, todavía no está clara su función en el control motor.
Las áreas premotoras intervienen fundamentalmente en la etapa previa al inicio de los movimientos, es decir, en su planificación o programación, estableciendo los planes motores más adecuados para su desarrollo.
La corteza premotora participa especialmente en los movimientos desencadenados por estímulos externos y su función es anticipatoria al propio movimiento, preparando a la corteza motora primaria para el acto motor.
El área motora suplementaria interviene en la programación motora y en la coordinación de movimientos complejos (coordinación bimanual). A diferencia de las áreas premotoras, cuyas neuronas se activan antes de iniciarse el movimiento y disminuyen su frecuencia de disparo cuando éste comienza, el área motora primaria sigue activa durante la ejecución de los movimientos. Esta área participa en el inicio o disparo del movimiento estableciendo las órdenes motoras de cuándo y cómo se han de mover los músculos. Sus neuronas individuales codifican diversas características de los movimientos, como la fuerza de la contracción muscular, codificada por la frecuencia de disparo de las neuronas (código temporal). Sin embargo, la dirección de los movimientos parece depender de la acción conjunta de amplias poblaciones de neuronas, respondiendo cada una de ellas de forma preferente a una determinada dirección.