En el siglo XIX Charles Darwin y Alfred Wallace, de manera independiente descubren el mecanismo mediante el cual se produce la evolución: la selección natural. La obra de Darwin “El origen de las especies” sienta las bases de la Teoría de la Evolución y el marco científico en el que se encuadran desde entonces todos los descubrimientos científicos que amplían y corroboran la explicación dada por Darwin sobre la evolución de los seres vivos.
En el contexto de la Teoría de la Evolución, el término evolución se utiliza para describrir el cambio en la diversidad y adaptación de las poblaciones de organismos o la transformación de unas especies en otras y nunca para poner de manifiesto una idea progreso, orientación, dirección o finalidad. La selección natural es totalmente oportunista.
En cuanto al término teoría, la Teoría de la Evolución es un conjunto de leyes matemáticas y funcionales que nos sirven para explicar la diversidad de seres vivos y su causa. Como toda teoría científica está sujeta a constante crítica y comprobación experimental y observacional de sus leyes.
Ya en la Grecia clásica podemos encontrar una explicación a la diversidad de seres vivos, y aunque fue de carácter filosófico, se planteó como un problema susceptible de ser explicado de forma racional, siendo el cambio o la transformación los elementos claves de la explicación dada por pensadores como Pitágoras, Heráclito, Anaxágoras, Herótodo o Aristóteles.
Desde el eclipse de la cultura clásica hasta los siglos XVI-XVII se impuso la explicación religiosa dada en los textos religiosos. Pero esta visión comenzó a perder credibilidad con las aportaciones científicas de Galileo y Newton en el terreno de la Astronomía y la Física. Los naturalistas se encontraban divididos entre aquellos que defendían que las especies surgían por generación espontánea, Transformismo radical, y aquellos que estaban más próximos a la explicación bíblica, Creacionismo que se articulaba en torno al concepto tipológico de especie según el cual, las especies actuales son en número y aspecto fiel reflejo del diseño divino, que se materializó en la creación, uno de los máximos representantes de este movimiento es Carl von Linneo, padre de la Taxonomía, que pretendió descubrir cuál era el diseño seguido por Dios, para lo cual pretendía clasificar y ordenar el mundo jerárquicamente siguiendo los criterios de la Scala Naturae de Aristóteles. Después de analizar los datos, no tuvo más remedio que admitir que existía el cambio y que la categoría taxonómica de especie o incluso de género, podían originarse de forma natural por variación brusca o por hibridación. Las investigaciones abiertas en otras disciplinas como la Geología, la Anatomía Comparada, la Embriología, la Fisiología, o la Paleontología, favorecieron nuevas hipótesis naturales del origen de las especies. Lamarck descubrió que entre los restos fósiles se encontraban especímenes similares a las especies actuales, lo cual demostraba la continuidad de la vida en la Tierra.
Todos estos estudios permitieron llevar a cabo a principios del siglo XIX el estudio científico del origen de las especies, partiendo de conocimientos como: 1) la edad de la Tierra en centenares de millones de años; 2) la existencia en eras geológicas pasadas de seres distintos de los actuales; 3) la continuidad de la vida a lo largo de la historia de la Tierra; 4) la evidencia de que las especies no son inmutables sino que pueden experimentar variaciones azarosas incompatibles con la tesis del diseño inteligente previo; y 5) los seres vivos a pesar de ser muy distintos entre sí, presentan características anatómicas y fisiológicas parecidas que permiten establecer relaciones entre ellos. Quedaba pendiente descubrir cuál era el mecanismo que producía esta transformación. En 1809 Lamarck presenta su obra Philosophie Zoologique, fundamentada sobre dos principios básicos: La función crea el órgano y la herencia de los caracteres adquiridos. Sostiene que el medio ambiente impone a los seres vivos continuos desafíos a los que deben enfrentarse. Propone siguiendo su primer principio que los órganos de un animal son consecuencia de sus hábitos y éstos, a su vez, resultado de la adaptación al ambiente. La causa de la evolución, por tanto, parte del propio organismo y no es otra que su propio deseo de mejora lo que le obliga a adaptarse al medio ambiente mediante la adquisición de nuevas estructuras y funciones que transmitirá a su descendencia. Esta explicación se la conoce como la herencia de los caracteres adquiridos. Según Lamarck cada organismo representa una línea evolutiva independiente cuyo origen fue la generación espontánea y su final será un hipotético estado de perfección. La adaptación es el medio para alcanzar ese fin. La evolución por tanto es determinista: su objetivo no es otro que alcanzar la perfección. Desde este punto de vista, el paisaje actual de seres vivos vendría a representar una ordenación jerárquica que iría de lo menos perfecto a lo más, siendo el hombre el representante de esta última posición.
La obra de Lamrck tiene el merito de plantear un transformismo materialista para explicar la diversidad de los seres vivos. Sin embargo presenta algunos errores como el de no haber realizado una síntesis adecuada de los conocimientos aportados por las diferentes disciplinas de la historia natural de la época, o el proponer que cualquier cambio que un organismo experimente como consecuencia de su experiencia vital puede pasar a la siguiente generación, o indicar que es el propio organismo el que genera a voluntad los cambios necesarios para su propia adaptación o afirmar que la evolución es consecuencia de la búsqueda de la perfección.