Los sistemas efectores nos permiten actuar sobre nuestro entorno y regular el estado interno del organismo, son el sistema motor (somático), el SN autónomo y el sistema endocrino, se encuentran bajo control del SNC y cuentan con diferentes tipos de órganos efectores: los músculos y las glándulas.
Las glándulas son los órganos efectores del SN autónomo y del endocrino. Los músculos se clasifican principalmente en lisos y estriados. Los músculos lisos están bajo control del SN autónomo, mientras que los músculos estriados o esqueléticos están formados por las fibras musculares, cuya estructura hace posible la contracción del músculo cuando son activados por las motoneuronas de la médula espinal y del tronco del encéfalo.
El sistema motor está organizado de forma jerárquica, de modo que las órdenes motoras descienden desde los niveles superiores a los niveles inferiores. El nivel inferior está constituido por las motoneuronas de la médula espinal y del tronco del encéfalo que tienen autonomía para realizar actos motores estereotipados y automáticos, como los movimientos reflejos. Sin embargo, los movimientos voluntarios y rítmicos son más complejos y su ejecución está bajo control de los niveles superiores de la jerarquía motora.
El nivel superior lo desempeña la corteza motora y diversas áreas de asociación. El nivel intermedio está constituido por diversos núcleos del tronco del encéfalo, donde se originan vías que alcanzan la médula espinal. Además, hay dos sistemas moduladores, los ganglios basales y el cerebelo, que modulan la actividad de los sistemas descendentes corticales y troncoencefálicos. Esta organización jerárquica se denomina organización en serie. Sin embargo, las vías motoras descendentes también están organizadas en paralelo, de forma que también existen vías que van directamente desde la corteza cerebral a la médula espinal, lo que aporta una mayor capacidad de procesamiento y de adaptación en el control motor.